Về trình tự, thủ tục tiến hành thanh tra, Thông tư 08 nêu rõ từng bước trong quy trình thanh tra, từ việc thu thập thông tin để chuẩn bị thanh tra, ban hành quyết định thanh tra, xây dựng, phê duyệt, phổ biến kế hoạch tiến hành thanh tra, phân công nhiệm vụ cho thành viên đoàn thanh tra đến công bố quyết định thanh tra, báo cáo tiến độ trong thời gian tiến hành thanh tra trực tiếp; sửa đổi, bổ sung nội dung kế hoạch tiến hành thanh tra…
Điều 8 Thông tư quy định, trong quá trình tiến hành thanh tra, trưởng đoàn thanh tra có trách nhiệm báo cáo tiến độ thực hiện nhiệm vụ của đoàn thanh tra với người ra quyết định thanh tra theo kế hoạch tiến hành thanh tra hoặc báo cáo đột xuất theo yêu cầu của người ra quyết định thanh tra. Tại Điều 15 Thông tư quy định yều cầu đối tượng thanh tra giải trình, làm rõ thêm những vấn đề trong dự thảo kết luận thanh tra.
Thông tư số 08 cũng đưa ra các quy định xử lý vi phạm như xử lý nghiêm minh đối với các hành vi vi phạm trong quá trình thanh tra (của người tiến hành thanh tra; người giám sát, thực hiện thẩm định). Các hành vi như lợi dụng chức vụ, quyền hạn để thực hiện hành vi trái pháp luật, nhận hối lộ, môi giới hối lộ, tiết lộ thông tin, tài liệu liên quan đến cuộc thanh tra, hoặc cố tình làm sai lệch kết quả thanh tra đều bị xử lý nghiêm khắc theo quy định của pháp luật.
Điểm nhấn của Thông tư 08 là việc quy định cụ thể 51 mẫu văn bản trong hoạt động thanh tra gồm quyết định thanh tra, kế hoạch tiến hành thanh tra, biên bản làm việc và các văn bản khác./.